El Libertador Simón Bolívar expidió el Decreto de 6 de Agosto de 1825 por el que debía fundarse nuestro Colegio. Por acta del 21 de Agosto y el 2 de Nov. de 1825, la Junta de Beneficencia de Arequipa adjudicó de los 20,000 pesos confinados por el Libertador en la gruesa decimal del Obispado, la suma de 12,000 anuales para el establecimiento del Colegio con el nombre titular de Bolívar a quien reconoció por su fundador, aprobado tácitamente por Bolívar, este acuerdo paso al Consejo de Gobierno y oída la Corte Suprema de Justicia se le remetió al Congreso para su aprobación pero habiendo quedado en receso la representación nacional, quedo paralizado el proyecto de la fundación.
Felizmente el Prefecto del Departamento, Gral. Dr. Antonio Gutiérrez de la fuente interpreto los deseos de la talentosa juventud Arequipeña que no podía ver defraudada su esperanza, se dirigió al Consejo de Gobierno presidido por el Mariscal Andrés de Santa Cruz y solicitó la planificación de un Colegio Nacional de Ciencias y Artes, para cuyo objeto propuso la supresión del convento de Agustinos, a fin de que con sus rentas y local y en unión con la Academia Lauretana se sentase las bases del engrandecimiento Patrio en Arequipa.
El Mariscal Santa Cruz expidió el Decreto Supremo del 20 de Junio de 1826, conforme a lo dictaminado por los Doctores Miguel Tafur, Ignacio Mier, Augusto Figueroa y el sabio Arequipeño D. Mariano Eduardo de Rivero cono miembros de la Dirección de estudios consideraron al nuevo Colegio como la «verdadera muralla contra los Gobiernos contrarios a los fines de la sociedad» y pidieron se convocase previamente en Arequipa a sujetos de reconocido valor y celo y competencia para formar la Dirección Subalterna de Estudios.
Las mesnadas aguerridas en el campo de la Academia Lauretana acudieron a la llamada del Gral. La Fuente y fueron designados el 2 de Agosto de 1826 como fundadores el Dean Manuel Fernández de Córdova, el Vocal de la Corte Dr. Mariano José de Petra el Secretario del Gral. Prefecto Manuel Cayetano de Loyo y el Catedrático de Filosofía de la Academia Lauretana Dr. Juan Gualberto Valdivia, quien que para cumplir con su deber respondió con la serenidad de un volcán y con el patriotismo inmortal de buen Arequipeño «se me cubre de una gran gloria que no merezco, que me inspira una eterna gratitud y la sacrosanta obligación de contribuir a la confianza nacional en toda la extensión de mis fuerzas con las que pueda contar mi amada Patria ahora en todo Tiempo».
El 1ro de Agosto de 1826 acordaron suprimir el Convento de Agustinos convirtiéndose en el Colegio General de Ciencias y Artes, en una Universidad y en una Biblioteca Pública.
El Gral. Prefecto reclamó sanción gubernativa para este acuerdo (5 de Agosto de 1826), en respuesta el Mariscal Santa Cruz ordenó al Gral. La Fuente dictase las providencias convenientes para llevarlo a cabo, de acuerdo con el Comisionado por la Dirección General de Estudios o Mariano Eduardo de Rivero que entonces se hallaba en Arequipa (17 de septiembre de 1826) Rivero y los miembros de la Subdirección de Estudios formaron la base del Colegio con miembros de la Academia Lauretana y se organizo las siguientes facultades: Castellano, Latín, Francés, Ingles, Literatura, Derecho Natural de Gentes, Público, Civil y Canónico, Matemáticas Elementales y Aplicadas, Astronomía, Física, Química, Mineralogía, Geología, Botánica, Anatomía y Cirugía, Medicina, Economía Política, Teología, Agricultura y -dibujo. Desgraciadamente el 4 de Octubre de 1826 el Ministro O José Maria Pando frustró la instalación del Colegio.
Excitado el Gral. Gutiérrez de la Fuente pidió a la Dirección Subalterna de Estudios un informe, y con este insistió en su prospecto, refrendó sus razones y fundamentos y elevó al Oficio declinado toda responsabilidad en el Gobierno (3 de noviembre de 1826).
Decían los miembros de la Dirección Subalterna, es y debe ser la enseñanza moderna de la ciencia y de las artes, pues nadie ignora la metódica ilustración de ellas; no en vano han sido los empeños para la guerra de la Independencia y los esfuerzos heroicos de nuestros hermanos. Este alegato y otros obligó a Pando a revocar su propio Decreto.
El Gral. Gutiérrez de la Fuente y los miembros de la Dirección Subalterna des pues de vencer obstáculos resolvieron no solo fundar el Colegio en el Convento San Agustín para lo que ya estaban autorizados por el Presidente del Consejo de Gobierno (4 de febrero 1827), previo acuerdo con el obispo de la Diócesis Dr. José Sebastián de Goyeneche, sino además propusieron en sección el 10 de junio de 1827, la planificación de una Universidad, acuerdo aprobado por el Gral. de la Fuente declarando establecida en dicho Colegio la Universidad bajo el nombre del Gran Padre San Agustín.
A las 10 am del 15 de julio de 1827 se realizó la Solemne y suntuosa Instalación de Colegio y Universidad, asistieron al Acto el Prefecto del Departamento Gral. Antonio Gutiérrez de la Fuente, el Presidente de la Ilustrísima Corte Superior de Justicia Dr. José Sánchez de la Barra el Obispo de la diócesis Sebastián de Goyeneche y Barreda los Catedráticos y alumnos de la Academia Lauretana, miembros de la Subdirección de Estudio, promotores de la instalación y profesores del Colegio.
Los primeros profesores del Colegio y de la Universidad fueron los mismos de la Academia Lauretana, es decir: Dr. Santiago Ophelan de Religión; el Licenciado Rafael Evaristo Barriga de Lengua Latina y Castellana; el Presbítero Juan Gualberto Valdivia de Filosofía y Matemáticas; el Licenciado Teo Chávez de Derecho Natural y de Gentes; Don Andrés Martínez de Derecho Civil y Patrio ; Dr. José Maria Corbacho de Bellas Letras; Don Manuel Amat y León de Economía Política; Leonardo Navas de Medicina; el Dr. José María Adriazola y Arve de Anatomía y Cirugía y Don Manuel José Recabarren de Dibujo.
